Havsörnen är liksom andra rovdjur högt upp i näringskedjan hårt drabbad av föroreningar i miljön. När halterna av miljögifterna DDT och PCB på 1970-talet var som högst i Östersjön var hela havsörnsstammen på väg att slås ut. Utan stödutfodring och uppfödning hade arten sannolikt inte överlevt i Östersjön.
Huvudproblemet var att miljögifterna inverkade negativt på honornas förmåga att utsöndra kalcium. Detta gjorde att äggens skal ibland blev så tunna att de krossades under ruvningen, och så porösa att de torkade ut. När Naturskyddsföreningen inledde övervakningen av havsörnsbeståndet 1964 var fortplantningen nära bottenläget. Andelen havsörnspar vid svenska Östersjökusten som lyckades producera någon unge under perioden 1965–1985 var bara 25 procent.
Sedan användningen av DDT och PCB förbjudits och halterna i miljön började minska förbättrades situationen för havsörnen på 1980-talet. Andelen lyckade häckningar ökade och stammen har nu återhämtat sig väl. Förbättringen berodde till stor del på att gamla individer med kroniska skador på fortplantningsorganen successivt försvann och ersattes av yngre fåglar som inte hade varit utsatta för samma starka exponering av miljögifter.
Geografiska skillnader
Under 1970-talet var försämringen av fortplantningsförmågan mer dramatisk i Egentliga Östersjön än den var i Bottniska viken. Men sedan slutet av 1990-talet ligger andelen lyckade häckningar på samma nivå som under 1950-talet i båda områdena.
När det gäller storleken på havsörnarnas kullar (antalet ungar) är bilden delvis annorlunda. I Egentliga Östersjön har antalet ungar ökat på ett liknande sätt som andelen lyckade häckningar har gjort. I Bottniska viken däremot har kullstorlekarna visserligen ökat, men fortfarande är de i genomsnitt mindre än på 1950-talet. Skillnaden är som störst i södra Bottenhavet, vilket drar ner snittet för hela Bottniska viken.
I Bottenhavet har samma uttorkningsskador som på 1970-talet börjat dyka upp igen, hos havsörnsägg med tydligt förhöjda halter av PCB och DDT. Orsakerna bakom dessa nya observationer behöver utredas vidare.