Fjällen med sin särpräglade natur är känslig. Samtidigt vill många intressen nyttja fjällen för olika ändamål. Klimatförändringar och minskad hävd utgör hot mot det öppna fjällandskapets värden och mot dess värdefulla naturtyper. Mark och vegetation kan skadas av besökare och barmarkskörning med terrängfordon, men också när de exploateras för bland annat vindkraft, vattenkraft och gruvindustri. Problemen är störst i södra fjällen.
Stora delar av fjällen är skyddade för att natur- och kulturvärden ska bevaras, men fortfarande finns det viktiga områden som saknar skydd mot framtida exploateringar. Fjällområdets ekologiska funktion och stora sammanhängande oexploaterade naturmiljöer riskerar att på sikt kraftigt försämras genom olika anspråk på exploatering såsom skogsbruk, fler vindkraftsanläggningar samt ökad prospektering och brytning av värdefulla mineraler. Dessutom används allt fler snöskotrar i fjällen vilket påverkar miljökvaliteten främst genom oönskat buller.
Vilka är utmaningarna?
Klimatförändringarna utgör ett allt större hot mot fjällens känsliga miljöer och arter, och har börjat ge synbara effekter i fjällmiljön. Antalet rödlistade fjällarter ökar till följd av framförallt klimatförändringar, igenväxning samt exploatering.
Fortsatt renskötsel liksom annan djurhållning behövs för att bevara ett vidsträckt och betespräglat fjällandskap som erbjuder livsmiljöer för många arter. Samtidigt måste rennäringens behov av stora sammanhängande betesområden balanseras mot behovet av anläggningar för bland annat friluftsliv, naturturism, vindkraft och mineralbrytning. Ökande turism, fler terrängfordon och ökande intresse för exploatering av fjällen riskerar att försvåra för renskötseln, och därmed även den positiva påverkan som betet har för den biologiska mångfalden. En annan utmaning är konflikten gällande storleken på rovdjursstammarna vilka påverkar renskötseln på flera sätt.