Den statligt finansierade miljöövervakningen är indelad i tio olika programområden - mer information om dem ligger under Miljöövervakningens programområden. Vissa aspekter av miljötillståndet, däribland naturresurser, biologisk mångfald och miljögifter, behandlas inom flera olika programområden.
Varje programområde är uppbyggt av delprogram, och varje delprogram kan bestå av flera olika undersökningar. Undersökningarna utförs enligt standardiserade metoder, så kallade undersökningstyper, som innehåller mätningar av ett flertal variabler. Detaljerade beskrivningar av samtliga delprogram och undersökningstyper finns under ”Handledning för miljöövervakning”.
Miljöövervakningsprogrammet är uppdelat i en nationell och en regional del. Naturvårdsverket har ansvaret för planering och drift av den nationella miljöövervakningen utom för programområdena Kust och hav och Sötvatten. Dessa hanteras av Havs- och vattenmyndigheten. På Naturvårdsverket finns personer som ansvarar för övervakningen inom varje enskilt programområde.
Miljöövervakningsprogrammet finansieras genom ett eget anslag. Beslut om hur medel till nationell och regional miljöövervakning ska fördelas fattas av Naturvårdsverket i samråd med Havs- och vattenmyndigheten.